A la distribución del oro del saqueo, se siguieron las alocaciones de tierras. Todo este mundo humano toma el rumbo de la encomienda, de los repartimientos y otros merecimientos en donde el Conquistador se dispone a descansar de su largo viaje. La encomienda abre otro capítulo de abusos bajo la cobertura de la cristianización (la conquista espiritual), pero genera también una profunda división entre los colonialistas en desesperada lucha por el control. El control de la tierra es fácilmente transformado en el problema del poder, donde la Corona también reclama la hegemonía. Y así, en medio de un mundo indio todavía no apasiguado ni sometido, se levantó la bandera de la rebelión y de la guerra civil.

En esta guerra todo estuvo permitido. Y una segunda destrucción se dejó caer sobre la Colonia. Nerviosas cabalgatas arrastraban consigo a gran parte de la población india. El clero mismo quedó dividido. Cuando cayó la cabeza de Gonzalo Pizarro, no por eso las causas de las disenciones quedaron aplacadas : los hijos de los Conquistadores y los poderosos curacas, los sacerdotes de la vieja religión, continuaron detentando la riqueza y la influencia; un Inca que reclamaba sus derechos, continuaba vivo en la región de Vilcabamba, cerca del Cuzco, y los cultos tradicionales florecían en todas partes, declarando cerradamente su prioridad sobre la Iglesia oficial; muchos doctrineros se convertían a la fe de los indios y demasiados misioneros vivían, todavía treinta años después, bajo el clima caliente y arbitrario del espíritu de la Conquista y de la caza de fortunas rápidas; el alto clero era más poderoso que los funcionarios de la Corona... La dispersión del poder era el mayor obstáculo para la maximización de las ganancias de la Corona, pero era también un problema político mayor, ya que en medio de todas estas revoluciones, podía preveerse la nte y llegada de la hora del indio: pues para ellos el Imperio de los "mitimaes" españoles no era más que una imposición injusta. Aún antes de que Felipe II se hiciera cargo del manejo de estos asuntos, se había escuchado decir a Bartolomé de las Casas:

"...y sobre estos mansos corderos, dulcificados por tales benditas cualidades, vinieron los Españoles cual tigres crueles, como lobos y leones enrabiados, con un afilado y tedioso hambre..."